Application of bioinformatic methods 6.1-AoBM
A. Problematyka wykładu: Podstawy bioinformatyki. Banki danych molekularnych jako źródło sekwencji DNA
wykorzystywanych w różnych dziedzinach nauk biologicznych. Analizy DNA jądrowego, mitochondrialnego oraz
chloroplastowego. Zastosowanie metod molekularnych w filogenetyce, filogeografii, ekologii, w badaniach nad
bioróżnorodnością, biologii konserwatorskiej oraz w biologii sądowej. Programy komputerowe umożliwiające
wykorzystanie danych bioinformatycznych w naukach biologicznych.
B. Problematyka konwersatorium: Genomy jądrowe, mitochondrialne i chloroplastowe. Banki danych genetycznych w
naukach biologicznych. Zegar molekularny a dane kopalne. Markery molekularne w badaniach nad bioróżnorodnością
i w biologii konserwatorskiej. Analizy filogenetyczne w oparciu o dane morfologiczne i molekularne na wybranych
przykładach. Badania filogeograficzne na wybranych przykładach różnych grup organizmów, w tym człowieka.
Programy komputerowe wykorzystywane do analiz DNA, oraz w badaniach filogenomicznych i filogeograficznych.
C. Problematyka laboratoriów: Wykorzystanie programów komputerowych i baz danych bioinformatycznych do analiz
filogenetycznych i filogeograficznych. Analizy DNA podjednostek jądrowych i mitochondrialnych
Rodzaj przedmiotu
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
Wiedza
K_W01_rozpoznaje problemy badawcze, które wymagają zastosowania zaawansowanych narzędzi nauk ścisłych_ P7S_WG
K_W02_ interpretuje złożoność procesów i zjawisk w przyrodzie, których rozwiązanie wymaga podejścia interdyscyplinarnego_ P7S_WG
K_W12_dostrzega dynamiczny rozwój nauk biologicznych oraz powstawanie nowych kierunków i dyscyplin badawczych_ P7S_WG
K_W15_wyszukuje i wykorzystuje specjalistyczne narzędzia bioinformatyczne, użyteczne w rozwiązywaniu problemów studiowanej specjalności nauk biologicznych_ P7S_WG
Umiejętności
K_U02_biegle wykorzystuje literaturę naukową w języku ojczystym, oraz posługuje się językiem angielskim na poziomie C1 _ P7S_UK
K_U03_ wykazuje umiejętność krytycznej analizy i selekcji informacji biologicznych, zwłaszcza ze źródeł elektronicznych_ P7S_UW
K_U05_ stosuje techniki i narzędzia informatyczne do opisu zjawisk biologicznych i analizy danych o charakterze specjalistycznym_ P7S_UW
K_U07_konfrontuje krytyczne informacje biologiczne pochodzące z różnych źródeł i na tej podstawie wyciąga uzasadnione wnioski_ P7S_UW
K_U08_ prezentuje krytycznie prace badawcze z zakresu wybranej specjalności nauk biologicznych z użyciem środków komunikacji werbalnej oraz multimediów_ P7S_UK
Kompetencje społeczne (postawy)
K_K01_ma świadomość złożoności zjawisk i procesów biologicznych_ P7S_KK
K_K04_ ma nawyk korzystania z uznanych źródeł informacji naukowej _ P7S_KK
K_K06_ systematycznie aktualizuje wiedzę biologiczną i informacje o jej praktycznych zastosowanich_ P7S_KK
Kryteria oceniania
Forma i sposób zaliczenia oraz podstawowe kryteria oceny lub wymagania egzaminacyjne
• Sposób zaliczenia
• wykład: egzamin z oceną
• konwersatorium: zaliczenie z oceną
• laboratorium: zaliczenie z oceną
B. Formy zaliczenia
• wykład: egzamin pisemny testowy oraz z pytaniami otwartymi
• konwersatorium: przygotowanie i przedstawienie pracy
semestralnej w formie prezentacji multimedialnej
• laboratorium: ustna prezentacja wyników analiz komputerowych (w formie prezentacji multimedialnej)
C. Podstawowe kryteria
W: uzyskanie na teście 50% + 1 punktów, czyli udzielenie ponad
połowę poprawnych odpowiedzi
K: ocena przygotowanych prac semestralnych, przedstawionych w
formie prezentacji multimedialnych
L: ocena prawidłowości uzyskanych wyników analiz komputerowych
oraz sposobu ich prezentacji
Literatura
Wykaz literatury
A. Literatura wymagana do ostatecznego zaliczenia zajęć (zdania egzaminu):
A.1. wykorzystywana podczas zajęć
Xiong J. Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, 2009 (przekład red. nauk. Bujnicki J.)
Pilot M., Rutkowski R. Zastosowanie metod molekularnych w badaniach ekologicznych. MiIZ PAN, Warszawa 2005.
J.R. Freeland. Ekologia molekularna. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2008.
Brown T.A. Genomy. Wyd. Nauk. PWN, Warszawa, 2009.
- literatura fachowa (publikacje) w języku polskim i angielskim.
A.2. studiowana samodzielnie przez studenta - jw.
B. Literatura uzupełniająca
Higgs P.G., Attwood T.K. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. Wyd. Nauk. PWN, Warszawa, 2008.
Słomski R. (red.). Przykłady analiz DNA. Wydawnictwo AR w Poznaniu, Poznań, 2004.
- literatura fachowa (publikacje) w języku polskim i angielskim.
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: