Bioinformatyka II 6.16.BTM-BIO
W1-W4 podstawowe zagadnienia z dziedziny genomiki, bioinformatyki, transkryptomiki i proteomiki
W5-W7 rodzaje genomowych i bioinformatycznych baz danych
W8-W9 komputerowe identyfikowanie sekwencji kodujących białko; transkryptomika - metody analiz mikromacierzy; analizy genomów i genomika porównawcza
W10-W11 komputerowa analiza sekwencji białkowych na poziomie struktury pierwszorzędowej, drugorzędowej i trzeciorzędowej
W12-W13 poszukiwanie regionów transbłonowych, motywów i domen w białku
W14 bazy struktur przestrzennych (PDB), przyrównanie strukturalne białek, klasyfikacja strukturalna białek
W15 zaliczenie
Forma zajęć
L1-L3 rodzaje genomowych i bioinformatycznych baz danych
L4-L9 komputerowe identyfikowanie sekwencji kodujących białko; transkryptomika - metody analiz mikromacierzy; analizy genomów i genomika porównawcza
L10 komputerowa analiza sekwencji białkowych na poziomie struktury pierwszorzędowej, drugorzędowej i trzeciorzędowej
L11-L12 poszukiwanie regionów transbłonowych, motywów i domen w białku
L14 bazy struktur przestrzennych (PDB), przyrównanie strukturalne białek, klasyfikacja strukturalna białek
L15 zaliczenie
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
Wiedza
Wie, na czym polegają analizy genomowe i mikromacierzowe oraz przewidywanie struktur cząsteczek.
Rozumie teoretyczne i praktyczne podstawy analiz bioinformatycznych na różnych poziomach organizacji informacji biologicznej: DNA, RNA i białek oraz genomów.
Student zna podstawowe i specjalistyczne bazy danych dotyczące genów, białek i genomów.
Umiejętności
Potrafi zaplanować analizy bioinformatyczne i dobrać odpowiednie programy do postawionego problemu.
Student potrafi korzystać z biologicznych baz danych oraz obsługiwać podstawowe i specjalistyczne programy i narzędzia bioinformatyczne analizujące sekwencje DNA,x`x RNA, białek, poszukujące sekwencji podobnych, wykonujące przyrównania sekwencji, przewidujące struktury i wykonujące analizy genomowe.
Student właściwie interpretuje uzyskane wyniki tych analiz.
Kompetencje społeczne (postawy)
Student jest chętny do poszerzania swojej wiedzy przez poszukiwanie dodatkowych narzędzi bioinformatycznych w internecie oraz jest świadomy potrzeby ciągłego aktualizowania wiedzy w szybko rozwijającej się dziedzinie bioinformatyki.
Kryteria oceniania
Konwersatorium Zaliczenie z oceną Kolokwium zaliczeniowe z zadań – próg zaliczeniowy 60%
Wykład Zaliczenie z oceną Test zaliczeniowy – próg zaliczeniowy 60%
Literatura
1 P.G. Higgs, T.K. Attwood. Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, 2008.
2 J.-M. Claverie, C. Notredame. Bioinformatics For Dummies. Wiley Publishing, Inc. 2006.
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: