Podstawy bioinformatyki 6.5-PBIO
A. Problematyka wykładu: Podstawy bioinformatyki. Banki danych molekularnych jako źródło sekwencji DNA wykorzystywanych w różnych dziedzinach nauk biologicznych. Podstawy filogenetyki molekularnej. Programy komputerowe umożliwiające wykorzystanie danych bioinformatycznych w naukach biologicznych. Podstawy genomiki i proteomiki.
B. Problematyka konwersatorium: Budowa kwasów nukleinowych, charakterystyka, funkcjonowanie oraz ewolucja genomów jądrowych. Badania genomów jądrowych z podaniem konkretnych przykładów. Charakterystyka, funkcjonowanie oraz ewolucja genomów mitochondrialnych. Badania genomów mitochondrialnych. Charakterystyka, funkcjonowanie oraz ewolucja genomów chloroplastowych. Badania genomów chloroplastowych. Badania nad genomem człowieka. Przyrównywanie sekwencji DNA. Algorytmy i programy wykorzystywane przy dopasowywaniu sekwencji DNA. Działanie zegara molekularnego. Metody stosowane w badaniach nad zegarem molekularnym oraz przykłady jego zastosowania. Platforma NCBI i jej zastosowanie.
C. Problematyka laboratorium: Bioinformatyczne bazy danych (NCBI, PubMed, PubMed Central, GenBank, Taxonomy). Analiza struktury rekordu NCBI GenBank. Projektowanie starterów do reakcji PCR z wykorzystaniem platformy NCBI. Analiza wyników sekwencjonowania DNA przy użyciu narzędzia BLAST, programu FinchTV oraz algorytmu TraceEditor w programie MEGA X. Program MEGA X i jego zastosowanie (pozyskiwanie sekwencji z NCBI GenBank, tworzenie przyrównania sekwencji, analiza sekwencji). Tworzenie drzew filogenetycznych różnymi metodami w programie MEGA X. Obliczanie dystansu molekularnego w programie MEGA X. Określanie modelu substytucji nukleotydowej w programie MEGA X. Podstawy analiz sekwencji drugorzędowej RNA przy użyciu platformy RNAfold web server oraz programu mFold. Analiza rekordów białkowych w bazie PDB (Protein DataBase).
Literatura uzupełniająca
Rodzaj przedmiotu
Tryb prowadzenia
Realizowany w sali
Koordynatorzy przedmiotu
W cyklu 2022/23-L: | W cyklu 2023/24-L: | W cyklu 2024/25-L: |
Efekty kształcenia
Wiedza
K_W11_przedstawia źródła zmienności organizmów _OP1A_W02
K_W24_opisuje zasady wykorzystania narzędzi informatycznych do analizy danych _OP1A_W04
K_W30_przywołuje podstawową terminologię naukową w języku angielskim z zakresu biologii i dziedzin pokrewnych_OP1A_W07
Umiejętności
K_U03_posługuje się biologiczną literaturą naukową w języku ojczystym_OP1A_U02
K_U04_czyta ze zrozumieniem naukowe teksty biologiczne w języku angielskim_OP1A_U02
K_U05_samodzielnie wyszukuje i korzysta z dostępnych źródeł informacji biologicznej, w tym ze źródeł elektronicznych_OP1A_U03
K_U10_ w dyskusji specjalistycznej potrafi posługiwać się językiem naukowym typowym dla nauk biologicznych _OP1A_U08
Kompetencje społeczne (postawy)
K_K02_w interpretacji procesów przyrodniczych korzysta z narzędzi informatycznych_ OP1A_K02
K_K04_ krytycznie podchodzi do informacji upowszechnianych w internecie, szczególnie z zakresu nauk przyrodniczych_OP1A_K04
Kryteria oceniania
Formy zaliczenia
• wykład: egzamin pisemny testowy oraz z pytaniami otwartymi
• konwersatorium: przygotowanie i przedstawienie pracy semestralnej w formie prezentacji multimedialnej
• laboratorium: ocenianie ciągłe, zaliczenie końcowe, ustalenie oceny zaliczeniowej na podstawie ocen cząstkowych otrzymywanych w trakcie trwania semestru
Podstawowe kryteria
W: uzyskanie na teście 50% + 1 punktów, czyli udzielenie ponad połowę poprawnych odpowiedzi
K: ocena przygotowanych prac semestralnych, przedstawionych w formie prezentacji multimedialnych
L: ustalenie oceny zaliczeniowej na podstawie ocen cząstkowych, poprawności wykonania sprawozdań oraz aktywności na zajęciach
Literatura
B. Literatura wymagana do ostatecznego zaliczenia zajęć:
A.1. wykorzystywana podczas zajęć
Xiong J. Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, 2009 (przekład red. nauk. Bujnicki J.)
Higgs P.G., Attwood T.K. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. Wyd. Nauk. PWN, Warszawa, 2008
Brown T.A. Genomy. Wyd. Nauk. PWN, Warszawa, 2009.
- literatura fachowa (publikacje) w języku polskim i angielskim.
A.2. studiowana samodzielnie przez studenta - jw.
B. Literatura uzupełniająca
Pilot M., Rutkowski R. Zastosowanie metod molekularnych w badaniach ekologicznych. MiIZ PAN, Warszawa 2005.
J.R. Freeland. Ekologia molekularna. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2008.
- literatura fachowa (publikacje) w języku polskim i angielskim.
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: