Metody badań skamieniałości 6.18-MBS
Problematyka wykładu:
(1) Rola i zadania systematyki (taksonomii). Systematyka jako dziedzina nauk przyrodniczych. Historia powstania obecnej klasyfikacji organizmów. Zasady i stosowanie nomenklatury botanicznej i zoologicznej. Źródła danych i sposoby ich interpretacji w taksonomii. Metodyka badań taksonomicznych. Analiza filogenetyczna jako podstawa do tworzenia klasyfikacji. Podstawy systematyki fenetycznej, kladystycznej i ewolucyjnej. Taksonomia molekularna
(2) Taksonomia i jej typy: klasyczna, fenetyczna, ewolucyjna, filogenetyczna i molekularna. Cechy w klasyfikacji, homologia i homoplazja; znaczenie tych zjawisk dla tworzenia klasyfikacji i rekonstrukcji filogenezy. Zastosowanie metod klasycznych i molekularnych w analizach filogenetycznych. Techniki analiz filogenetycznych – algorytmy, kryteria, tworzenie drzew oraz ich testowanie. Zastosowanie technik komputerowych do rekonstrukcji filogenezy. Wykorzystanie banków danych genetycznych w procesie rekonstrukcji filogenezy. Zegar molekularny i dane kopalne w rekonstrukcji filogenezy. Analizy filogenetyczne w oparciu o dane morfologiczne i molekularne na wybranych przykładach.
(3) Mikroskopia świetlna i elektronowa, katodoluminescencja, mikrosondy, rentgenografia (XRD, XRF, tomografia), ultrafiolet, podczerwień, magnetyczny rezonans jądrowy, geochemia izotopów.
Problematyka ćwiczeń laboratoryjnych: praktyczne zapoznanie się z aparaturą, analiza wyników
Efekty kształcenia
Wiedza
SD_W02_ opisuje wyspecjalizowane zagadnienia z zakresu biologii, bioinformatyki i ekologii
SD_W03_dyskutuje na temat bieżących problemów naukowych z zakresu nauk biologicznych oraz ich powiązań z naukami ścisłymi i technicznymi.
SD_W04_ charakteryzuje nowoczesną metodologię i warsztat badawczy uprawianej dyscypliny
SD_W05_posługuje się specjalistyczną terminologią w języku ojczystym i kongresowym
Umiejętności
SD_U01_formułuje hipotezy badawcze i weryfikuje je za pomocą odpowiednio dobranych metod obliczeniowych
SD_U03_wykorzystuje i analizuje różnorodne źródła specjalistycznej informacji, w tym bioinformatyczne
Kompetencje społeczne (postawy)
SD_K01_ dzieli się zdobytymi doświadczeniami w pracy naukowej i dydaktycznej
SD_K02_krytycznie ocenia wyniki własnych badań i innych autorów
Kryteria oceniania
Sposób zaliczenia
• wykład: egzamin/kolokwium
• laboratorium: zaliczenie z oceną
Formy zaliczenia
• wykład: zaliczenie w formie pisemnego testu (test wyboru oraz z pytaniami otwartymi)
• laboratorium: przygotowanie pracy zaliczeniowej
Podstawowe kryteria
W: uzyskanie na teście co najmniej 50% poprawnych odpowiedzi
L: ocena przygotowanych sprawozdań lub prezentacji multimedialnych
Literatura
A. Literatura wymagana do ostatecznego zaliczenia zajęć:
Futuyma, D. J.: Drzewo życia: klasyfikacja i filogeneza, str. 17-41, W: Ewolucja, Wydawnictwo UW, 2009.
Matile L., Tassay P., Goujet D.: Wstęp do systematyki zoologicznej. PWN, Warszawa 1993,
Spalik, K., M. Piwczyński: Rekonstrukcja filogenezy i wnioskowanie filogenetyczne w badaniach ewolucyjnych, Kosmos,
58(3/4): 485-498, 2009.
Stace C. A.: Taksonomia roslin i biosystematyka. PWN, Warszawa 1993.
Matile L., Tassy P., Goujet D. Wstęp do systematyki zoologicznej – koncepcje, zasady, metody. Wyd. Nauk. PWN,1993. Xiong J. Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, 2009 (przekład red. nauk. Bujnicki J.)
Wägele J.-W. Foundations of Phylogenetic Systematics. Verlag Dr. Friedrich Pfeil, München, 2005.
Pilot M., Rutkowski R. Zastosowanie metod molekularnych w badaniach ekologicznych. Muzeum i Instytut Zoologii PAN, Warszawa 2005.
Brown T.A. Genomy. Wyd. Nauk. PWN, Warszawa, 2009.
-literatura fachowa (publikacje) w języku polskim i angielskim.
Artykuły naukowe z zakresu zastosowania omawianych metod fizyko-chemicznych
B. Literatura uzupełniająca
Higgs P.G., Attwood T.K. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. Wyd. Nauk. PWN, Warszawa, 2008.
Wheeler Q.D. (ed.). The New Taxonomy. CRC Press, Boca Raton – London – New York, 2008.
Freeland J.R. Ekologia molekularna. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2008.
Słomski R. (red.). Przykłady analiz DNA. Wydawnictwo AR w Poznaniu, Poznań, 2004.
literatura fachowa (publikacje) w języku polskim i angielskim.
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: